Tidak ada fitur membedakan pada bebek Muscovy untuk menentukan jenis kelamin. Seperti sebagian besar unggas domestik, jenis kelamin bebek Muscovy yang lebih muda dari empat minggu hanya dapat ditentukan melalui proses yang disebut "ventilasi." Namun, ketika bebek berkembang, ciri-ciri yang membedakan jantan (drake) dari betina (ayam betina) secara bertahap menjadi jelas. Pada saat bebek mendekati dewasa, perbedaan antara jantan dan betina dapat ditentukan dengan pengamatan, bahkan oleh mata yang tidak terlatih.
Amati anak itik dari usia empat hingga enam minggu. Drake muda (jantan) akan mulai bertambah besar di atas ayam muda (betina).
Amati bebek dari usia enam hingga 10 minggu. Betina muda akan mengembangkan bulu terbangnya sebelum jantan muda. Laki-laki muda akan memiliki kaki yang lebih tebal, posisi kuda yang lebih lebar dan kaki yang lebih besar daripada betina muda.
Amati bebek muda setelah berumur 10 minggu. Bebek jantan akan mengembangkan caruncling lebih nyata (berdaging, masker wajah bulat) daripada betina.
Dengarkan dan amati bebek-bebek itu. Kedua jenis kelamin membuat jenis suara yang giat, tetapi perempuan lebih vokal daripada laki-laki. Bebek Muscovy jantan mendesis lebih dari betina, disertai dengan postur ekor yang bergoyang-goyang dan bulu yang mengembang.
